Wkrótce po nabyciu od p. Eugenii Moczulskiej stosownej działki przy ul. Wojska Polskiego, ks. biskup Władysław Jędruszuk erygował dekretem z dnia 17 września1989 roku nową parafię pw. Miłosierdzia Bożego. Jej pierwszym proboszczem został ks. Marian Wyszkowski, dotychczasowy proboszcz w Czeremsze (1986-1989). W pierwszych latach istnienia parafii tymczasowym kościołem była neoklasycystyczna kaplica cmentarna pw. św. Wincentego a Paulo zbudowana w latach 1859-1860 staraniem ks. Antoniego Aklińskiego/Akulińskiego (1826-ok. 1899), proboszcza bielskiego (1854-1870). Kamień węgielny pod tę kaplicę położono 11 maja 1859 roku, a budowę ukończono w dniu 7 sierpnia 1860 roku. Aktu poświęcenia kaplicy dokonał ks. Adam Radziszewski (1819-po 1880), archidiakon białostocki (1849-1863), proboszcz dziadkowicki (1846-1863).
Dnia 24 listopada 1989 roku staraniem parafian zakupiono plac pod nowy kościół. Projekt nowej świątyni wykonał arch. Andrzej Chwalibóg z Białegostoku, a kierownikiem prac był Lucjan Oksimowicz. Wyliczenia konstrukcyjne wykonał inż. Andrzej Wrzosek. Budowę świątyni rozpoczęto 29 sierpnia 1992 roku pod kierunkiem ks. Mariana Wyszkowskiego. Kamień węgielny poświęcił dnia 24 września 1994 roku ks. Antoni P. Dydycz, biskup drohiczyński. Konsekracji nowego kościoła pw. Miłosierdzia Bożego dokonał w dniu 21 kwietnia 2001 roku ks. Antoni Dydycz, biskup drohiczyński.
13 listopada 2016 roku Ks. Biskup Tadeusz Pikus ustawonił kościół mianem Diecezjalnego
Sanktuarium Miłosierdzia Bożego.
Na terenie parafii, na cmentarzu grzebalnym, znajduje się Mauzoleum z napisem "Ofiarom barbarzyństwa" z czasów II wojny światowej, zbudowane nad mogiłami 50. bielszczan zamordowanych przez Niemców w Lesie Pilickim 15 lipca 1943 r.
Obok świątyni stoi drewniana plebania zbudowana w 1990 roku, staraniem ks. kan. Mariana Wyszkowskiego.W 2016 roku z inicjatywy ks. kan. Dariusza Kujawy gruntownie przebudowana i zamieniona w Dom zakonny Sióstr Opatrzności Bożej.